¿Existe diferencia a los efectos del IRPF, entre tener depósitos en moneda nacional o depósitos en moneda extranjera?

Sí. Los rendimientos del capital derivados de depósitos en moneda nacional se encuentran gravados a diferentes tasas del IRPF (3%, 5% o 12%) en función de las características del depósito, de acuerdo a lo establecido por el Art. 26° del Título 7°. Los rendimientos de depósitos en moneda extranjera se encuentran todos gravados a una tasa del 12%.

FUENTE:
Artículo 26, Título 7, Texto Ordenado 1996.
Artículo 33, Decreto 148/007.